Contrôle fiscal et comptabilité informatisée : attention aux délais pour les traitements informatiques

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Par Nicolas

La vérification fiscale prend une nouvelle dimension quand une entreprise tient sa comptabilité informatisée. Lors d’un contrôle, l’administration exige une copie des fichiers des écritures comptables (fec), à fournir sous format numérique dès le début de l’intervention. Ces fichiers servent de base pour mener différents traitements informatiques, souvent indispensables à l’analyse des comptes. Comprendre les règles et les délais liés à ces traitements s’avère essentiel pour sécuriser la procédure et éviter tout litige.

les options pour la réalisation des traitements informatiques

Quand une vérification commence, trois options sont proposées pour le traitement des données comptables informatisées  :

  • traitement par le vérificateur sur le matériel de l’entreprise  : le contrôleur utilise les ordinateurs de l’entreprise pour examiner les fichiers.
  • traitement par l’entreprise elle-même sur son propre matériel  : la société réalise en interne les opérations demandées par le vérificateur.
  • traitement par le vérificateur hors des locaux de l’entreprise  : l’entreprise fournit une copie des données, que le contrôleur analyse dans ses propres locaux.
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Le choix se fait au début du contrôle, mais il reste possible de changer d’option tant que le délai fixé par l’administration n’est pas dépassé. Cette souplesse permet d’adapter la méthode selon la capacité de l’entreprise à répondre aux exigences techniques.

le délai pour réaliser les traitements  : un enjeu déterminant

Si l’entreprise choisit de faire elle-même les traitements informatiques, l’administration lui adresse une demande écrite qui précise  :

  • la nature exacte des travaux à réaliser,
  • le délai accordé pour fournir les résultats.

Ce délai doit être «  suffisant  » pour permettre à l’entreprise d’effectuer correctement les tâches demandées. La notion de «  délai suffisant  » n’est pas uniforme  : elle s’apprécie au cas par cas, selon la charge de travail, la complexité des demandes ou les moyens techniques dont dispose la société. Le conseil d’état a récemment précisé cette exigence, rappelant que chaque situation doit être examinée individuellement.

exemple concret : analyse du cas jugé par le conseil d’état

Dans un arrêt du 15 mai 2025, le conseil d’état a statué sur un cas précis. Voici un résumé chronologique :

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DateÉvénement
20 avrilL’entreprise choisit de réaliser elle-même les traitements informatiques.
27 avrilL’administration précise par écrit les modalités et fixe le délai au 17 mai.
9 juinL’administration reçoit les résultats, au-delà du délai initial.
22 juinLe vérificateur demande à l’entreprise de compléter ses réponses.

Dans cette affaire, bien que les résultats aient été remis hors délai, ils ont été pris en compte. L’entreprise n’a pas signalé de difficulté particulière durant la période impartie. Le conseil d’état a estimé que le temps laissé était suffisant et que la procédure avait respecté les droits de la société.

aspects à surveiller et conseils pratiques pour réussir un contrôle fiscal informatisé

Avant d’opter pour une réalisation interne des traitements, chaque société doit évaluer ses moyens humains et techniques. La durée du délai peut varier fortement selon le volume de données ou la complexité des analyses demandées. Pour limiter les risques :

  • analyser en amont sa capacité à traiter rapidement les demandes informatiques du vérificateur ;
  • demander sans tarder une précision ou un allongement du délai en cas de difficulté détectée ;
  • prévenir l’administration si un événement imprévu empêche de tenir le calendrier initial ;
  • savoir qu’il est possible de revenir sur son choix initial avant expiration du délai imparti.
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Cette vigilance facilite le dialogue avec l’administration et garantit une procédure fluide.

synthèse sur la gestion informatique lors d’un contrôle fiscal

Anticiper la gestion informatique lors d’une vérification fiscale évite bien des complications. La remise rapide et conforme des FEC, puis la réalisation dans les temps des traitements demandés, protègent contre toute contestation lors du contrôle. Respecter le délai fixé par le vérificateur devient alors un point clé pour défendre sereinement ses intérêts et démontrer sa bonne foi face à l’administration.

Sources et références  :
Conseil d’État, décision du 15 mai 2025, n°494887

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